O SGT, tal como se encontra atualmente estatuído, é a base da política de ordenamento do território e de urbanismo e está organizado em três âmbitos territoriais distintos - o nacional, o regional e o municipal - que de um modo coordenado interagem entre si.

O SGT é por sua vez concretizado através de um conjunto de instrumentos de gestão territorial que se divide, de acordo com a natureza e a função que desempenham, em instrumentos de desenvolvimento territorial, instrumentos de planeamento territorial, instrumentos de política sectorial e instrumentos de natureza especial.

O funcionamento do SGT depende assim, por um lado, da necessária coordenação entre as diversas políticas com incidência territorial e a política de ordenamento do território e urbanismo, assegurada através de uma efetiva articulação entre as entidades responsáveis pela elaboração, aprovação, alteração, revisão, execução e avaliação dos instrumentos de gestão territorial, nos respetivos âmbitos de intervenção e de acordo com as suas competências e, por outro lado, da relação entre os diferentes instrumentos de gestão territorial e dos processos que conduziram à sua formação. 

O acompanhamento e a avaliação do funcionamento do SGT tem como objetivo identificar problemas, deficiências e disfunções quer ao nível normativo, quer ao nível institucional e organizacional, quer ainda ao nível funcional e operativo que obstem a uma eficiente gestão territorial e a um correto ordenamento do território, permitindo, por sua vez, a adoção de medidas com vista à sua correção.