Concluída a fase de elaboração e de acompanhamento da proposta do PNPOT em Abril de 2005, seguiu-se um longo período de concertação com as entidades públicas e da sociedade civil que integraram a comissão consultiva e que, no âmbito da mesma, discordaram formalmente da proposta apresentada pelo GPNPOT, e a aprovação pelo Governo da proposta técnica do PNPOT, para efeitos de discussão pública (RCM n.º 41/2006, de 27 de Abril).

Decorrido o período de discussão pública, que teve lugar entre 17 de Maio e 31 de Outubro de 2006, procedeu-se nos meses de Novembro e de Dezembro ao apuramento e ponderação dos resultados, bem como à remodelação da proposta em função dos mesmos, ao que se seguiu a aprovação pelo Conselho de Ministros da Proposta de Lei sobre o PNPOT, a 28 de Dezembro de 2006, a entrada na Assembleia da República da Proposta de Lei sobre o PNPOT, a 17 de Janeiro de 2007, a aprovação do PNPOT pela Assembleia da República, a 5 de Julho de 2007 e a publicação da Lei n.º 58/2007, de 4 de Setembro.